对现代物流企业来说，内部审计工作涉及物流成本审计。物流成本指的是产品空间位移时，所消费掉的资源及其货币表现。在包装、装卸、搬运、运输、储存、流通等环节都有所表现，并且是这些环节中所支出的人力、财力与物力的集合。从审计的角度看，物流成本作为现代物流企业加以内部审计和成本管理的重要手段和物流经济效益的评判尺度，能够直观展现物流企业的经营和运营管理水平。对现代物流企业进行审计的过程中，最关键和重要的工作是审核完成特定物流运作目标所产生的实际成本。此外，对现代物流企业进行的内部审计还涉及对固定设施与设备的审计，这样做在于最大限度提升物流设备与设施的资产利用率与投资回报率。
现代物流企业内部审计存在的问题
1.内部审计工作缺乏人才和培养。
一些现代物流企业中，内部审计部门和董事会都相互独立，技术操作性较强，对人才的要求程度较高。这些人员不但对其财务知识、审计知识和税法经济法提出了较高要求，还要求必要的经营管理水平及分析问题解决问题的能力，甚至还要在数据处理和风险防范方面有一定的技能和技巧。这样，才不使内部审计工作流于形式，更好地为物流企业经营管理工作服务。可是，一些物流企业并不具备这些人才，也缺少吸引人才的能力，加之未能对现有人才进行继续培养，使企业内部审计人才长期处于欠缺的状况，阻碍了内部审计工作正常开展。
2.内部审计工作缺乏创新。
我国现代物流企业的内部审计手段还仅限于以账项基础审计方法为主，审计的直接目的在于防止错误的产生，企业内部审计人员缺少风险和创新意识。由于考虑到了风险意识缺乏，在很大程度上影响了现代物流企业的运营效率，同时，也对企业的业务发展造成了一定阻碍。我国现代物流企业来内部审计工作相对滞后，很多处在试验和探索层面，加之物流企业管理决策者的创新意识较差，缺少各项资源的投入，使得制度完善与创新工作难以符合时代发展的要求，影响其长期战略目标的实现，难以为物流企业带来更多经济效益。
3.内部审计的独立性不强。
目前，我国物流企业的内部审计工作并不具有显著的独立性，存在关系上大多依托于其他部门，甚至是上一级的附属组织。其负责人也通过企业的高层管理层进行任命，这样做的目的在于为现代物流企业的盈利提供服务。在这一过程中，内部审计人员的薪酬待遇和福利水平等都和企业的管理层直接相关。这样，为使内部审计人员能够真正履行其职能，就需要监督和测评。但是，如果管理层授权和批准的审计活动或财务支出与有关法律规定相悖，审计人员通常会明哲保身，内部审计做出的评价就带有了更多主观成分，为企业发展埋下了隐患。
4.内部审计工作缺乏认识和重视。
在我国，内部审计制度的出现较晚，与国际社会相比有显著滞后性。对现代物流企业来说，无论是决策管理者还是普通员工，都对内部审计缺乏必要的认识与重视，对企业内部出现的风险和不足难以很好的及时发现，在阻避风险和改进经营模式方面也难以提供有效的帮助，阻碍了物流企业的成熟与壮大。此外，在现代物流企业中，较大比例的内部审计部门都隶属于其他管理经营组织，在企业的位置较低，无法得到企业的重视。但与此相对应的是，现代物流企业的内部机构设置较多，审批程序反锁，对审计工作的支持十分有限，对内部审计工作的实施形成了极大阻碍。
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